В целях медико-санитарного обеспечения населения области при чрезвычайных ситуациях центр медицины катастроф тесно взаимодействует со следующими организациями:
ГУ МЧС России по Томской области,
УМВД России по Томской области,
Управлением Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека по Томской области,
УФСБ России по Томской области,
В рамках обучения первой помощи населения центр медицины катастроф сотрудничает с:
АНО УТЦ "Защита",
ООО "Дельрус - Томск",
ОГБУЗ "Центр общественного здоровья и медицинской профилактики".
ООО "Волна"