В целях медико-санитарного обеспечения населения области при чрезвычайных ситуациях центр медицины катастроф тесно взаимодействует со следующими организациями:

ГУ МЧС России по Томской области,

УМВД России по Томской области,

Управлением Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека по Томской области,

УФСБ России по Томской области,

В рамках обучения первой помощи населения центр медицины катастроф сотрудничает с:

ОГБУЗ "Центр общественного здоровья и медицинской профилактики".